半乳糖呋喃糖(Galf)殘留存在于許多致病微生物的細胞壁糖綴合物中。尿苷5'-二磷酸(UDP) Galf是含Galf糖綴合物的生物合成前體,由UDP- galp通過黃酮類酶UDP-半乳糖吡喃糖突變酶(UGM)合成。
編碼UGM (glf)的基因對包括結核分枝桿菌在內的病原體的生存能力至關重要,這一發現強調了理解UGM如何發揮作用的必要性。為了闡明UGM的催化機理已經付出了相當大的努力,但由于缺乏酶-底物復合物的結構數據,進展受到了阻礙。
這些數據不僅可以揭示底物結合的相互作用,還可以揭示UGM如何優先作用于兩種非常不同的底物,UDP- galp和UDP- galf,同時避免細胞中存在其他結構相關的UDP糖。
在此,我們描述了ugm配體復合物的**個結構,這為底物選擇性的催化機理和分子基礎提供了洞見。利用x射線晶體學方法,分析了肺炎克雷伯菌與底物模擬物UDP-glucose (UDP-Glc)結合的UGM結構,并將其細化到2.5 ?分辨率。
配體是近輔因子,這一發現與提議的機制是一致的,其中還原黃素參與共價催化。盡管如此接近,底物類似物的葡萄糖環的位置使它不利于共價催化。
這一取向與數據表明UDP-Glc不是UGM的底物一致。利用飽和轉移差NMR比較了UDP-Galp和UDP-Glc的相對結合方向。結果表明,尿苷部分在兩種配體配合物中占有相似的位置,這種相關的結合模式由我們的結構數據定義。
相反,葡萄糖和半乳糖糖的取向是不同的。為了理解這些差異的后果,我們推導了一個用于生產的ugm -底物復合體的模型,該模型強調了有助于催化和底物區分的相互作用。
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