免疫沉淀、ChIP、蛋白互作、親和純化等實驗里，核心的環節就是用微球進行目標蛋白的釣取純化 ，而較常用的就是各種包被的瓊脂糖微球，而隨著大家對回收率、純度以及實驗便捷性的要求提升，越來越多的人開始選用磁性微球。

磁性微球相比瓊脂糖微球的優勢：

回收率高

瓊脂糖純化中，瓊脂糖珠在離心之后，棄去上清。在吸液過程中，為了盡可能移去上清，往往會吸走一部分瓊脂糖，這樣就可能損失一部分目的蛋白。同時，瓊脂糖珠在離心過程中也可能破裂，這樣就又損失了一部分目的蛋白。

磁珠純化中，攜帶目的蛋白的磁珠通過磁性吸附在管壁上，此時吸取上清不會“捎帶”走帶有目的蛋白的磁珠，而磁珠也不需要應付頗具考驗的離心步驟，這樣雙管齊下就保證了磁珠比瓊脂糖珠有更高的回收率，對于蛋白互作、ChIP實驗來說，更容易獲得可靠的檢出結果。而對于RIP這樣對于檢測靈敏度要求更高的實驗來說，基于磁珠的純化是**推薦的途徑。

特異性好

瓊脂糖純化中，瓊脂糖珠本身結構比較復雜，容易非特異性結合蛋白和DNA，對于蛋白互作研究或者ChIP實驗產生非特異性的干擾。此外，在離心去除上清的過程中，也可能由于吸取上清不徹底，從而殘留一些實際未與微球結合的蛋白/DNA，從而產生非特異性結果。

磁珠純化中，由于磁珠表面光滑，非特異性結合率**，因此背景比瓊脂糖低的多。另外由于磁珠純化時，去除上清更加徹底，殘留的未結合蛋白/DNA對結果的干擾也能被去除。

瓊脂糖微球的非特異性結合

瓊脂糖天然的非特異性結合屬性往往會給實驗帶來意想不到的背景，需要**設置多個對照和反復實驗來進行核實與驗證。而對于ChlP實驗來說，也不能直接使用普通瓊脂糖珠,而是需要先用鮭魚精DNA等試劑進行封閉

操作簡便速度快

在IP實驗中，瓊脂糖珠、抗體、目標蛋白往往需要很長時間的孵育才能充分進行結合。而使用磁珠后，往往只需要更短的時間就可以完成充分的結合，這**的提升了實驗速度。

同時，磁珠無需進行離心，可以使用磁力架進行“秒速”分離，可以迅速進行后續的去上清、清洗步驟。再也不用盯著瓊脂糖珠的固液界面小心翼翼的進行上清分離了。

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wyf 02.01